Beeld: Een onderzoeker aan het werk met de Aviti sequencer. Bron: VHLGenetics

VHLGenetics investeert in Aviti sequencer mét gegarandeerd gedeeld gebruik

VHLGenetics investeerde in het najaar van 2025 in een geavanceerde Aviti-sequencer, WUR-Bioscience garandeert een minimum aantal runs per jaar. Het team rond Shared Research Facilities van WUR bracht de partijen bij elkaar. Een samenwerking die smaakt naar meer, vertellen business developer Kitty Huijben en onderzoeker Elio Schijlen.

VHLGenetics, gevestigd op Wageningen Campus West, heeft zich in 40 jaar tijd ontwikkeld tot een grote speler op het gebied van niet-humane genomics. Het bedrijf voert een groot aantal verschillende DNA-testen uit om het genetisch profiel in kaart te brengen van landbouwhuisdieren, gezelschapsdieren en planten. 'We werken bijvoorbeeld voor fokkers die willen weten of hun dieren drager zijn van erfelijke ziektes, en voor plantenveredelaars die genetische varianten in nieuwe rassen willen identificeren,' vertelt Kitty Huijben, business developer bij VHLGenetics.

De onderneming onderscheidt zich met maatwerk en geavanceerde technologie. 'Toch kregen we de laatste tijd steeds vaker vragen waar we niet helemaal aan konden voldoen,' zegt Huijben. 'Klanten wilden diepgaander genetisch inzicht, of dat we targeted sequencing uitvoerden.' Bij targeted sequencing worden alleen die stukjes DNA gelezen waarvan je wilt weten of die coderen voor een bepaalde variant of eigenschap.

Voor VHLGenetics waren de nieuwe vragen van klanten reden om uit te kijken naar een sequencer met meer mogelijkheden: de Aviti, een short read sequencer van de nieuwste generatie.

Short read of long read?

Bij short read sequencing worden miljarden kleine stukjes DNA tegelijk in hoog tempo geanalyseerd - ideaal voor grootschalige toepassingen zoals het vergelijken van genomen of het opsporen van genetische varianten. Long read sequencing leest veel langere stukken DNA in één keer, wat handig is voor de analyse van complexe genomische structuren, dus geschikt voor andere toepassingen.

Elio Schijlen is onderzoeker en projectleider bij WUR-Bioscience. Dit onderdeel van de WUR beschikt over diverse ‘omics’ faciliteiten - voor metabolomics-, proteomics- en genomics-analyses - die veelvuldig ingezet worden voor wetenschappelijk en toegepast onderzoek. 'De Aviti is een uitstekende opvolger van de Illumina-technologie waar we al tientallen jaren mee werken: flexibel, kostenefficiënt en met aantoonbaar hogere datakwaliteit dan voorgangers,' zegt hij. Het apparaat is inzetbaar voor whole genome sequencing, single-cell analyse, targeted sequencing en RNA-sequencing, en heeft onafhankelijke flowcellen waarmee twee runs tegelijk kunnen draaien.

Verbindende schakel

Een prachtig apparaat, maar wel met een prijskaartje van enkele tonnen. Bij zo’n grote aanschaf is overcapaciteit een reëel risico. 'Met één gebruiker is het lastig om zo'n apparaat efficiënt te benutten en de kosten terug te verdienen,' zegt Schijlen. Bovendien ontwikkelt de technologie zich razendsnel. 'Samenwerken was bij de aanschaf van de Aviti dus geen luxe, maar noodzaak,' aldus Huijben. Uit een gesprek met het team Shared Research Facilities, waarmee VHLGenetics goed contact had, bleek dat er bij WUR-Bioscience interesse was in deze technologie en in samenwerking.

Aanvankelijk zou WUR-Bioscience de Aviti aanschaffen, waarna VHLGenetics als gebruiker zou aansluiten. Door kortingen op onderzoeksgelden werd de constructie omgedraaid: VHLGenetics kocht het apparaat, met een gebruiksgarantie van WUR. 'De contracten lagen er snel,' zegt Schijlen. 'Mede doordat het team rond Shared Research Facilities van WUR dit soort samenwerkingen al vaker heeft gefaciliteerd en de formats goed op orde heeft.'

Vijf minuten fietsen

Het apparaat staat sinds september 2025 in het lab van VHLGenetics op Wageningen Campus West en de samenwerking verloopt opvallend soepel. WUR-onderzoekers sturen een mailtje als hun samples klaar zijn voor een sequencing-run, en fietsen naar VHLGenetics toe. 'Vijf minuten fietsen en je bent er,' zegt Schijlen.

Die nabijheid heeft meer voordelen. Huijben: 'Klanten sturen hun data liever niet naar het buitenland – niet alleen vanwege de langere doorlooptijd, maar ook met het oog op vertrouwelijkheid. Met de politieke ontwikkelingen in de wereld weegt dat laatste steeds zwaarder.'

Medewerkers van beide organisaties volgden gezamenlijk een training. VHLGenetics bedient de sequencer zelf; WUR denkt mee bij bijzondere samples of als de data-analyse extra expertise vereist. 'Wij hebben jarenlange ervaring met bioinformatica en data-infrastructuur; kennis die VHLGenetics niet in een nacht opbouwt,' zegt Schijlen.

Nieuwe klanten, nieuwe projecten

Dankzij de Aviti heeft Schijlen al veel tijd kunnen besparen. Hij werkt aan single cell genomics-projecten: het sequencen van het genoom van individuele plantencellen. 'Dat zijn kwetsbare samples die je niet lang kunt bewaren. Met de Aviti hier vlakbij weet je binnen twee à drie dagen of een protocol werkt.'

Voor VHLGenetics opent het apparaat deuren naar nieuwe markten. Huijben: 'Een klant die ons jarenlang standaard genotyperingsprojecten liet uitvoeren, wilde meteen een pilotproject starten toen we vertelden dat we nu ook de genetische variatie binnen zijn populatie kunnen bestuderen. Zulke gesprekken voeren we nu regelmatig.'

Gewoon doen

Schijlen en Huijben zijn eensgezind: overweeg je een gezamenlijke investering, doe het dan gewoon. 'Ondernemerschap en onderzoek gaan in een samenwerking als die van ons hand in hand en dat levert mooie nieuwe ideeën op,' zegt Schijlen. Wederzijds vertrouwen is wel cruciaal, benadrukt Huijben. 'Je laat iemand toe in je lab, op je apparaat. Maak heldere afspraken en bouw een vertrouwensband op.'

De twee denken voorzichtig al na over een volgende stap: de aanschaf door WUR van een long read-sequencer die dan eventueel ook te gebruiken is door VHLGenetics. Huijben: 'We weten nu wat we aan elkaar hebben. Dat maakt het makkelijk om samen vooruit te kijken.'In de periode 2026 tot en met 2029 is er opnieuw 1M€ subsidie per jaar beschikbaar gesteld door de Provincie Gelderland en RegioDeal Foodvalley voor de aanschaf van gedeelde innovatieve onderzoeksapparatuur. Meer weten? Neem contact op met het team van Shared Research Facilities via sharedresearchfacilities@wur.nl voor informatie over de mogelijkheden en de voorwaarden.

Meer informatie:

www.vhlgenetics.com

Genomics Facility - Long-read and short read DNA sequencing | WUR